En el presente, Cloud cuenta que, al regresar a Nibelheim, Sephiroth actuaba de manera extraña. Hasta que, de repente, una noche desapareció sin decirle a nadie. Cloud decide entonces empezar a buscarlo.
De vuelta en el pasado, deberás caminar por el Hotel. El alcalde, algo malhumorado, te informará que Sephiroth se fue a la mansión Shinra sin decirle ni una palabra. En ese momento, se te indicará que tienes que ir a la mansión. Los demás personajes te hablarán para contarte que Sephiroth estaba actuando raro. Sigue a la policía vecinal, ellos te llevarán hacia la mansión.
Tifa, desde el presente, cuenta que la mansión Shinra es el edificio más grande de la aldea. Fue construída antes que el reactor, y la compañía la usaba para hacer investigaciones, antes de volverse una empresa grande.
Al llegar al lugar, ingresa a la mansión. Recorre el edificio para inspeccionarlo. Sube el ascensor para llegar a la cueva subterránea. Cloud cuenta que nadie en la aldea sabía de la existencia de este lugar. Al caminar por el espacio, verás que las puertas tienen llaves y que aún no puedes hacer nada con ellas. Finalmente, frente a una biblioteca, encontrarás a Sephiroth.
Sephiroth está leyendo sobre el proyecto Jenova, totalmente perturbado. Cloud lo interrumpe, pero Sephiroth le pide que se vaya. Cloud cuenta, desde el presente, que Sephiroth se la pasó leyendo y nunca más salió.
De vuelta en el Hotel, Cloud recapitula lo que ha estado pasando. Decide, entonces, volver a ver a Sephiroth, al que encuentra aún leyendo. Sephiroth le cuenta que encontró un libro que explica de dónde salió Jenova. El proyecto era para revivir a los ancianos y, para ello, un científico vinculado a Shinra, Gast, creó a Sephiroth. Cloud no entiende nada. Sephiroth llora, mientras dice que va a reunirse con su madre. Cloud intenta detenerlo, pero Sephiroth lo arroja con violencia, haciendo que nuestro protagonista pierda el conocimiento.