Final Fantasy VII Rebirth comienza con unas breves escenas del final de Final Fantasy VII Remake, la entrega anterior de esta trilogía. Recuerda que cada juego es independiente, por lo que no es necesario haber jugado la primera entrega de esta reedición de Final Fantasy VII.
A continuación, vemos a un periodista que muestra a un montón de CENTINELAS y GUARDIAS trabajando en las ruinas de la Central Shinra, mientras va brindando su opinión sobre qué pudo haber ocurrido.
La cámara se aleja, mostrando las ruinas de Midgar, hacia un espacio marginal donde llegan ZACK y CLOUD. Zack camina arrastrando a Cloud, que está inconsciente y no puede mantenerse en pie por sí mismo. Llegan a un lugar donde varias personas están viendo en una pantalla el reporte del periodista.
Allí, el camarógrafo logra filmar a RED XIII y AERITH, mostrando que están siendo cargados inconscientes en helicópteros. Un momento después, los helicópteros pasan por encima de Zack y Cloud. Zack se alarma, deja a Cloud con una chica, y sale corriendo a rescatarlos. Esta será tu primera intervención. Manejarás a Zack.
En una cinemática vemos que Red XIII logra liberarse y ataca a los pilotos del helicóptero, haciendo que se estrelle.
Tu objetivo es dirigirte a un área rocosa donde te encontrarás el helicóptero caído, que está siendo custodiado por un grupo de Guardias y Centinelas que deberás vencer antes de que te ataquen.
Otro helicóptero vendrá como refuerzo, y Zack lo derribará en una escena donde se demuestra la gran fuerza de nuestro personaje. A continuación, debes pelear contra una nueva tanda de guardias.
Tras vencerlos, Zack encontrará a Aerith agonizando, y a Red XIII prácticamente muerto. Un escuadrón de helicópteros llega como refuerzo, pero Zack logra esconderse con Aerith, que muere en sus brazos. Zack llora mientras la lluvia comienza a caer, agradeciendo también a Red XIII por su ayuda. Un corte a negro indica el inicio del capítulo 1.